3.科技创新与应用问题。应集中力量在关键技术上实现突破：(1)有机肥料生产和使用技术的突破。未来我国农业增产，化肥仍然不可或缺，但要逐渐减少用量。重点围绕全国36.6亿吨有机肥资源（农作物秸秆、绿肥、规模化养殖场畜禽粪便和农家肥）的转化利用，组织科研力量攻关，力求在配套技术和设备上有重大突破。(2)良种培育技术的突破。保护地方特有品种，加强对野生资源的驯化和新品种的培育，不断开发出丰产性好、抗逆性强、适应性广、品质优良的新品种。(3)新型肥料的开发。针对不同农作物、不同栽培方式，专门研制叶面肥、微量元素肥料、氨基酸肥料、缓控释肥等各种新型肥料，增产增效，减少污染。(4)生物农药研制技术的突破。随着化学农药的普及，我国传统土农药使用逐渐减少。近年来，中科院植物研究所从几十种治虫植物中筛选出了10余种杀虫活性物质，研制出的“0.25%莨菪烷碱乳剂”，对蚜虫、菜青虫、棉铃虫、黄刺蛾等多种害虫具有较强的杀伤力。实际上，土农药采用现代技术开发，不仅灭虫效果好，而且无药害。(5)污染修复技术的突破。为有效根治环境污染，近年来国内外研制了一系列污染修复技术，包括植物修复、微生物修复以及物理修复、化学修复、生物工程修复技术，或兼而有之的复合型修复技术。这些技术在一定区域内试验、应用，都取得了较好的成效。大气和水体污染，在切断污染源后通过稀释、自净作用，污染问题可逐渐减轻，但土壤污染尤其是重金属污染，治理最难，费时费力，有时要靠化学药剂淋洗、换土等方法才能最终解决。目前还没有一种修复技术可以治理各种类型的环境污染。必须根据实际情况，加强科技攻关，有针对性地筛选、组合相关技术，进行长期的定位处理和整治。
4.总体布局问题。目前，我国18亿亩耕地的农区承担着几乎全部粮棉油的生产任务，所产粮食的40%又要被用来饲养畜禽，而大片山区、草原的开发利用则很不充分，发展草产业、木本粮油产业潜力很大。对此，一些专家学者呼吁“种草养畜，粮草并举，建设大农业”，解决“人畜争粮”矛盾，实现农区、山区、草原平衡协调发展。这一倡议符合我国实际，应当认真研究、规划、实施，由只注重18亿亩农区的“小农业”转变为面向包括山区、牧区、农区在内的100亿亩农用地的“大农业”。
5.政策与法规倾斜问题。改革开放以来，我国经济社会事业快速发展，成就辉煌。相比之下，城市快于农村、工业快于农业，农业农村发展相对滞后。党中央及时作出了工业反哺农业、城市带动农村、推进城乡一体化的战略决策。在整个扶农强农的政策倾斜中，需要重点支持生态化现代农业农村建设，加快“石油农业”向“生态农业”转化，特别应当加大对农业废弃物综合开发利用、循环农业和绿色有机农业发展以及面源污染治理的扶持。
6.政绩考核问题。按照建设生态化现代农业农村要求，修订单纯考核经济指标、忽视生态环境和社会民生指标的考评标准、办法，加大经济发展质量、生态环境、社会和谐、民生改善方面的权重，使政绩考核对农业农村又好又快发展起到引领、导向、保障作用。
